P. nagasakiensis trưởng thành dài khoảng 10 cm. Cơ thể của P. nagasakiensis có màu nâu xám. Có đốm đen lớn nổi bật ở gốc vây ngực. Đầu mút của gai vây lưng và vây hậu môn màu đen. Vảy có các vệt xanh. Các cá thể ở Nhật Bản có vây và đuôi sẫm màu hơn thân[3].

Số ngạnh ở vây lưng: 13; Số vây tia mềm ở vây lưng: 15 - 16; Số ngạnh ở vây hậu môn: 2; Số vây tia mềm ở vây hậu môn: 15 - 16[2].

Thức ăn của P. nagasakiensis là rong tảo và các động vật không xương sống nhỏ. P. nagasakiensis là một loài không di cư; thường bơi theo đàn. Cá đực có nhiệm vụ bảo vệ và chăm sóc những quả trứng[2].